기업 내의 연구개발전담부서로서 신고한 경우 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 있음

문서번호】인천지법2012구합1857, 2013.01.10

【원고】

XX 주식회사

【피고】

부천세무서장

【주문】

1. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 주위적 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

【청구취지】

주위적으로, 피고가 2010. 7. 1. 원고에 대하여 한 2005사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분 및 2006사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분(이하 위 각 초과 부분의 법인세부과처분을 ’이 사건 처분’이라고 한다)은 각 무효임을 확인한다.

예비적으로, 이 사건 처분의 취소를 구한다.

 

【이유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005사업연도와 2006사업연도의 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법(2006. 10. 4. 법률 제8050호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구법’이라고 한다) 제10조 소정의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제로서 2005사업연도에 000원, 2006사업연도에 000원을 해당연도 법인세에서 공제하였다.

나. 피고는, 원고가 2007. 3. 21.에 이르러서야 사단법인 한국산업기술진흥협회장으로 부터 연구개발전담부서 인정을 받았으므로 2005사업연도 및 2006사업연도에는 위 각 돈을 공제받을 수 없다고 보아 위 세액공제를 부인하고, 원고에게 2010. 7. 1. 2005사업연도 법인세 000원 및 2006사업연도 000원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 이에 원고가 불복하여 2010. 10. 4. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2011. 2. 8. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 1, 2, 제11, 12, 20호증, 을 제1호증의 1, , 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 예비적 청구 부분의 적법 여부

피고는 이 사건 소 중 예비적 청구 부분이 그 제소기간을 경과하여 부적법하다고 항변한다.

살피건대, 세법에 따른 과세처분의 경우 국세청장의 심사 또는 조세심판원의 심판을 거쳐야 하고, 이를 거치지 아니한 경우 행정소송을 제기할 수 없으며, 행정소송은 위 심사 또는 심판 결정의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에 제기되어야 하고, 이는 불변기간이다(국세기본법 제56조 참조).

위 인정사실과 갑 제1호증의 기재에 의하면, 이 사건 처분에 대하여 2011. 12. 8. 조세심판원의 기각결정이 있었고 원고는 2011. 12. 9.경 그 통지를 받은바, 그로부터 90일이 경과한 2012. 4. 13. 제기된 이 사건 소 중 예비적 청구 부분은 제소기간을 지나 제기된 것으로서 위법하고, 갑 제1호증의 기재만으로는 원고가 민사소송법 제173조 제 1항 소정의 ’책임질 수 없는 사유로 말미암아 불변기간을 지킬 수 없었던 경우’에 해당 된다고 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이에 관한 피고의 항변은 이유 있다.

3. 주위적 청구에 관한 판단

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유로 이 사건 처분에 중대ㆍ명백한 하자가 있어 처분이 무효라고 주장한다.

(1) 피고는 원고가 2007년 이전 연구개발전담부서를 신고하지 아니한 사실을 입증 하지 아니한 채 이 사건 처분을 하였다.

(2) 설령 원고가 2007년 이전 연구개발전담부서를 신고하지 아니하였더라도 원고는 법령이 요구하는 연구개발전담부서를 설치ㆍ운영하였던바, 실질과세의 원칙에 비추어 원고에 대하여도 구법 제10조 소정의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제가 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

(1) 행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효확인을 구하는 행정소송에 있어서는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장, 입증할 책임이 있다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2009두3460 판결 등 참조).

앞서 본 바와 같이 이 사건 처분은 2007년 이전 연구개발전담부서의 신고가 없었음을 이유로 하므로, 처분의 당연무효를 주장하는 원고가 위 신고 사실을 입증할 책임을 부담한다. 그런데 원고의 주장에 의하더라도 원고가 2007년 이전 연구개발전담부서를 신고하였는지는 알 수 없다는 것이므로, 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 한편 구법 제10조 제1항에서는 세액공제의 대상이 되는 연구 및 인력개발비의 내용을 대통령령에 위임하고 있고, 위 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항, 별표 6. 제1항 가목에서는 자체기술개발 비용으로서 전담부서의 인건비 등을 들고 있는데, 구 조세특례제한법 시행규칙(2007. 3. 30. 재정경제부령 제548호로 개정되기 전의 것) 제6조, 제7조에 의하면, 위 별표 소정의 전담부서란 구 기술개발촉진법 시행규칙(2009. 4. 30. 지식경제부령 제68호로 개정되기 전의 것) 제8조에 따라 과학기술부장관(현 교육과학기술부장관)에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서를 말한다.

위와 같은 규정의 취지를 종합하면, 연구개발전담부서에서 사용한 연구 및 인력 개발비의 경우 교육과학기술부장관에게 기업 내의 연구개발전담부서로서 신고한 경우 세액공제를 받을 수 있다고 할 것인데, 원고가 2007년 이전 위와 같은 신고 요건을 갖추었다고 인정할 증거가 없는 점은 앞서 본 바와 같은바, 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙에 비추어, 피고가 원고에게 구법 제10조 제1항 소정의 연구 및 인력개발비 세액공제를 부인하고 이 사건 처분을 한 것이 위법하다고 보기 어렵고, 설령 위법하다 하더라도 그 위법의 정도가 중대ㆍ명백한 정도에 이른다고는 보기 어렵다. 따라서 이에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 소 중 예비적 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 주위적 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.