수출신고필증 수출자와 부가가치세법 상 공급자가 틀린 경우 영세율 적용 문제

분야】부가가치세


【질문】

당사는 지방에 위치한 생산 공장과 서울에 위치한 본사를 운영하고 있는 제조 회사로서 현재 각각의 사업장 별로 사업자 번호가 신고되어 있습니다(사업자단위과세 X, 주사업장총괄납부 O).

판매되는 제품의 물류 흐름에 따라 매출의 경우 부가가치세법상 공급자는 지방 생산공장으로 귀속되고 있으며, 수출신고필증 상의 수출자 및 생산자 역시 지방 생산공장으로 명의로 수출 신고가 이루어지고 있습니다.
그러나 자금운영 및 판매 조직이 서울 본사에 위치한 관계로 업무 편의상 인보이스 및 선하증권 상의 수출자는 서울 본사 명의로 작성이 되고 있어 수출 관련하여 일부 혼선이 발생하고 있는 상황입니다.

만약 수출신고 시 수출자를 서울 본사 명의로 하여 수출신고필증을 발행할 경우, 부가가치세법 상 공급자 역시 서울 본사로 변경을 해야 하는지 아니면 수출신고필증 상 수출자와 부가가치세법 상 공급자가 달라도 무방한지 문의를 드립니다.

【답변】

수출신고필증은 2001년 12월 31일 시행령 개정시 영세율첨부서류에서 제외되었을 뿐 아니라, 수출신고필증상 수출자는 명의일 뿐이고 수출신용장, 수출계약서, 선적관계서류, 송장, 수출대금의 수취등에 의해 사실상 수출한 사업자가 따로 있는 것이 확인되는 경우에는 사실상 귀속되는 사업자에게 부가가치세 영세율이 적용되는 것이며(부가46015-3468, 2000. 10. 12.),

사업자가 부가가치세 예정신고 또는 확정신고시에 영세율 적용대상 과세표준을 신고하면서 부가가치세 관련 법령이 정하는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하는 경우에도 당해 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 영세율을 적용할 수 있는 것입니다(대법원 2004두 8224, 2005. 2. 18., 대법원 2007두 24449, 2009. 6. 25.).

따라서, 수출신고필증 상 수출자와 부가가치세법 상 공급자가 달라도 해당 수출건에 대한 영세율적용에는 문제가 없을 것으로 사료됩니다.

참고로, 본사와 제조장 등 2이상의 사업장을 가진 총괄납부승인을 받은 사업자가 본사에서 제품주문 및 수주, 판매계약, 대금결제 등의 판매활동을 전담해서 이행하고, 제품은 운송 등의 편의를 위해 제조장에서 직접 재화를 인도하는 경우에는 공급자를 제조장으로 하는 세금계산서를 직접 거래처에 교부하는 것이나, 이미 제조장에서 본사 등으로 거래명세서를 교부한 경우에는 본사 등에서 거래처에 세금계산서를 교부할 수 있는 것입니다(부가-1621, 2011. 12. 23., 서면3팀-941, 2007. 3. 30.).