연구및인력개발비세액공제-조특법 (조심2010서2689, 2010.11.22)

【제목】

기업부설연구소로 인정받기 이전에 발생한연구개발비는 연구및인력개발비세액공제를 적용받을 수 없는 것임

【주문】

1. ○○○세무서장이 2010.5.1. 청구법인에게 한 법인세 2007사업연도분 111,305,540원과 2008사업연도분 111,902,060원의 부과처분은 청구법인이 ○○○ 위탁연구개발비로 지급한 2007년분 20,000,000원 및 2008년분 76,500,000원과 ○○○ 2008년에 지급한 50,000,000원 합계 146,500,000원에 「조세특례제한법」 제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 그 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

【이유】

1. 처분개요

가.청구법인은 1999.4.26. 설립되어 전자지불결제시스템을 개발하여 7개 카드회사와 21개 은행에 서비스를 제공하며, 2006년부터 금융용 VAN서비스, IC카드, POS유통 등의 연구개발을 위한 전담부서를 설치ㆍ운영하였고, 동 전담부서가 2009.3.11. ○○○으로부터 「기술개발촉진법」에 의한 기업부설연구소로 인정되었다.

나. 청구법인은 연구개발전담부서의 연구활동과 관련하여 인건비 및 위탁연구개발비로 2007년에 603,822천원(인건비 583,822천원, 위탁연구개발비 20,000천원)을, 2008년에 666,440천원(인건비 535,945천원, 위탁연구개발비 130,495천원)을 각각 지출하고 2007년 90,573,310원, 2008년 99,966,109원 합계 190,539,519원에 대하여 「조세특례제한법」 제10조에서 규정한 연구 및 인력개발비 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다)를 적용하여 2007∼2008사업연도 법인세를 신고하였다.

다. 서울지방국세청장이 2009년 11월 청구법인의 연구개발전담부서가 2009.3.11. 기업부설연구소로 인정받아 그 이전에는 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항의 ‘연구개발전담부서’로 볼 수 없다는 사유로 감사시정을 요구하자, 처분청은 그에 따라 청구법인이 2007∼2008사업연도 법인세 신고시 공제받은 쟁점세액공제를 전액 부인하여 2010.5.1. 청구법인에게 법인세 2007사업연도분 111,305,540원, 2008사업연도분 111,902,060원, 합계 223,207,600원을 경정ㆍ고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.7.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대법원 판례(99두11943, 2001.1.16.)에서 기업내의 연구개발전담부서가 「기술개발촉진법」상 요건을 갖추면 그와 관련된 비용은 쟁점세액공제의 적용대상이며, 연구개발전담부서에 해당되기 위하여 반드시 과학기술부장관에 대한 신고까지 마쳐야 하는 것은 아니라고 판시하고 있는바, 청구법인의 연구개발전담부서는 2006년부터 심리일 현재까지 독립된 부서로서 조직변동이 없이 동일하게 연구활동을 수행하고 있음에도, 2009.3.11.에야 비로소 ○○○으로부터 기업부설연구소로 인정받았다는 사유만으로 2007∼2008사업연도분인 쟁점세액공제를 부인하는 것은 실질과세원칙에 위배되어 위법하다.

(2) 청구법인은 신제품의 개발(H/W, S/W 등)을 위한 위탁연구개발비로 ○○○ 2007년 20,000천원, 2008년 76,500천원 합계 96,500천원을, ○○○에게 2008년 50,000천원을, ○○○ 2008년 3,995천원을 각각 지급하였는데, 위탁연구개발비는 청구법인의 연구개발전담부서 설치 여부와 관계없이 쟁점세액공제의 적용이 가능한 것이고, ○○○ 연구전담부서는 ○○○으로부터 기업부설연구소로 인정받았다.

신용카드결제기의 개발 및 생산과정은 판매회사가 영업에 필요한 아이템을 주문하면 제조업체는 이를 개발ㆍ제조하여 공급하고 판매회사는 소매점과 식당 등에 공급하는 형태인데, 새로운 신용카드결제기를 제조하기 위하여는 금형비, 연구개발비(소프트웨어 및 하드웨어 개발비, 디자인비용, 승인비용)가 필요하고, 당사자간의 협의를 거쳐 연구개발비를 분담하는 것이 일반적이며, 이는 주문생산의 형태이므로 각각 전산시스템이 상이한 판매회사가 주문한 아이템은 당해 회사에게만 공급되고 다른 회사에게는 판매할 수 없다.

그런데, 처분청은 위의 금액 중 ○○○에 지급한 금액은 신제품 개발과 관련된 비용으로 인정하지만, 제품개발계약서에 개발이 완료된 후 신제품에 대한 일체의 기술 및 지적재산권은 직접 연구ㆍ개발한 ○○○ 소유로 한다는 약정내용을 이유로 쟁점세액공제의 적용대상이 아니라고 보고 있으나, 이는 관련법령에서 규정하고 있지 아니하는 사항을 처분청이 자의적으로 해석한 것에 불과하므로 위의 위탁연구개발비는 개발된 지적재산권의 소유 여부와 관계없이 쟁점세액공제의 적용대상이다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법 시행규칙」 제7조(2007.7.30. 개정되기 이전에는 제6조)의 ‘연구개발전담부서’에 대한 규정은 1998.3.21. 개정된 것이고, 청구법인이 제시한 대법원 판례(99두11943, 2001.1.16.)는 1997년 이전 귀속분에 대한 것으로 이 건에는 적용할 수 없으며, 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항의〈별표6〉제1호 가목에서 “연구개발전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소를 말하는 것이고, 청구법인은 2009.3.11. ○○○으로부터 기업부설연구소로 인정받았으므로, 그 이전인 2007∼2008사업연도에 지출한 연구개발비는 쟁점세액공제의 적용대상이 아니다.

(2) 청구법인이 위탁연구개발비로 ○○○에게 지급한 146,500천원은 신제품 개발과 관련된 비용이나, 제품개발계약서상 개발이 완료된 후 신제품에 대한 일체의 기술, 지적재산권은 직접 연구ㆍ개발한 ○○○ 소유라고 명시되어 있는 점을 감안할 때, 신제품에 대한 모든 지적재산권이 거래처에 귀속되는 것이므로 위 금액을 청구법인의 위탁연구개발비로 보아 쟁점세액공제를 적용할 수는 없다. 또한, ○○○에게 지급한 3,995천원은 당해 법인의 연구개발전담부서가 ○○○으로부터 기업부설연구소로 인정받은 사실도 없고, 위탁연구개발비와의 관련성도 불분명하므로 쟁점세액공제의 적용대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인의 연구개발전담부서가 기업부설연구소로 인정을 받기 이전에 발생하는 연구개발비에 대하여 「조세특례제한법」 제10조에서 규정한 “연구 및 인력개발비 세액공제”의 적용이 가능한지 여부

② 청구법인이 지급한 위탁연구개발비에 대하여 신제품의 개발에 따른 지적재산권이 직접 연구ㆍ개발한 거래처에 귀속된다는 약정을 근거로 “연구 및 인력개발비 세액공제”를 부인한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법

제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

(2) 조세특례제한법 시행령

제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

〈별표6〉

구 분	비 용
1. 기술개발	가. 자체기술개발 ① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 재정경제부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비 (이하 생략) 나. 위탁 및 공동연구개발 ① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

(4) 기술개발촉진법

제7조【특정연구개발사업의 추진 등】 ① 교육과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다.

2. 연구인력ㆍ시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서

(5) 기술개발촉진법 시행령

제28조【권한의 위탁】 ① 법 제16조의 규정에 의하여 교육과학기술장관 또는 지식경제부장관은 다음 각호의 사항에 관한 권한을 「민법」 제35조 및 「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 과학기술부장관의 허가를 받아 설립된 한국산업기술진흥협회에 위탁한다.

2. 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고의 수리 및 인정에 관한 사무

(6) 기술개발촉진법 시행규칙

제7조【기업부설연구소의 신고 등】 ② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정받으려는 자는 별지 7호서식에 따른 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다.

1. 연구사업개요서 1부

2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부

3. 연구시설명세서 1부.

(이하 생략)

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 경정결의서 등에 의하면 청구법인이 연구개발전담부서의 연구활동과 관련하여 인건비 및 위탁연구개발비로 2007년에 603,822천원(인건비 583,822천원, 위탁연구개발비 20,000천원)을, 2008년에 666,440천원(인건비 535,945천원과 위탁연구개발비 130,495천원)을 각각 지출하고 2007년 90,573,310원, 2008년 99,966,109원 합계 190,539,519원에 쟁점세액공제를 적용하여 2007∼2008사업연도 법인세를 신고한 것에 대하여, 서울지방국세청장이 2009년 11월 감사시정요구를 함에 따라 처분청은 청구법인의 연구개발전담부서가 2009.3.11. 기업부설연구소로 인정받아 그 이전 사업연도에는 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항의 ‘연구개발전담부서’로 인정할 수 없다는 사유로 2007∼2008사업연도 법인세 신고당시 공제받은 쟁점세액공제를 전액 부인하여 2010. 5.1. 청구법인에게 법인세 2007사업연도분 111,305,540원, 2008사업연도분 111,902,060원 합계 223,207,600원을 경정ㆍ고지한 사실이 나타난다.

(2) ○○○ 발급한 인정서에 의하면, 청구법인의 연구개발전담부서는 2009.3.11. 「기술개발촉진법」 제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정된 내역이 기재되어 있으며, ○○○ 부설연구소는 2005.2.15.에, ○○○ 기술연구소는 2000.1.24.에 각각 기업부설연구소로 인정되었으나, ○○○ 연구개발전담부서는 인정을 받은 사실이 없다.

(3) 청구법인이 지급한 위탁연구개발비의 내역은 <표1>과 같으며, 그 금액에 대하여 모두 세금계산서가 교부되었다.

(4) 청구법인(갑)이 2007.6.4. ○○○(을)와 체결한 제품개발계약서의 주요 내용을 보면 다음과 같다.

제11조(S/W의 개발) 1. 을은 제품○○○에 필요한 S/W를 개발하고 공급하며, S/W의 개발 및 기능의 적용은 갑의 기준에 따른다.

제12조(부가 기능) 1. 을은 갑이 요청하는 기능을 제품에 적용하여야 하며, 세부 적용기준은 별도의 사양서를 기준으로 한다.

제13조(제품의 검수) 1. 을은 2007.11.30.까지 개발 검수를 요청하여야 하며, 갑의 판정기준에 적합한 제품을 개발하여야 한다.

제17조(개발비, 인증비의 산정 및 지급) 1. 본 계약서에 따른 을의 제품개발과 관련하여 갑은 각 기준에 따라 제품개발비 및 인증비를 지급한다.

제18조(지적재산권) 1. 본 계약서의 정의에 따라 개발하는 제품에 관련하는 일체의 기술, 지적재산권은 을의 소유로 하며 관리에 대한 책임을 진다.

2. 단, 제품의 개발과 관련된 통신 전문 및 서비스 구현방식*에 대한 소유권은 갑에 있으며, 을은 제품개발에 있어 제3자에게 일체의 정보를 유출하여서는 안된다.

제26조(권리의무의 양도금지) 갑과 을은 상대방의 사전동의 없이 본 계약서의 계약기간동안 권리의무를 제3자에게 양도, 담보제공, 기타 여하한 처분행위 등을 하지 못한다.

(5) 쟁점①에 대하여 본다.

청구법인은 연구개발전담부서가 2006년부터 현재까지 독립된 부서로서 조직변동 없이 동일하게 연구활동을 수행하고 있음에도, 2009.3.11. 에야 비로소 ○○○으로부터 기업부설연구소로 인정받았다는 사유만으로 2007∼2008사업연도에 공제받은 쟁점세액공제를 부인하는 것은 실질과세원칙에 위배되어 위법하다고 주장하고 있다.

살피건대, 「조세특례제한법」 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항에서는 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6에 규정하는 비용에 대하여는 쟁점세액공제를 적용받을 수 있다고 규정하고 있으며, 별표6에서는 그 비용으로 연구개발전담부서에서 근무하는 직원의 인건비 등을 규정하고 있고, 여기서 ‘연구개발전담부서’라 함은 「조세특례제한법 시행규칙」 제7조 제1항에서 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 의하여 구 과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서를 말한다고 규정하고 있는바, ○○○ 구 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소의 신고 및 수리 등에 관한 사무를 위탁받아 처리하기 위하여 설립된 사단법인이며, 청구법인의 연구개발전담부서는 2009.3. 11. 비로소 ○○○ 기업부설연구소로 인정받았으므로, 그 이전에 발생한 2007∼2008사업연도 연구개발비는 쟁점세액공제를 적용받을 수 없는 것으로 보아야 할 것이므로 이와 다른 취지인 청구주장은 법리를 오해한 것으로 판단된다.

(6) 쟁점②에 대하여 본다.

처분청은 청구법인이 위탁연구개발비 명목으로 ○○○에게 지급한 146,500천원은 신제품의 개발과 관련된 비용이나, 제품개발계약서상 개발이 완료된 후 신제품에 대한 일체의 기술, 지적재산권은 직접 연구ㆍ개발한 ○○○ 소유라고 명시되어 있는 점을 감안할 때, 신제품에 대한 모든 지적재산권은 거래처에게 귀속되는 것이므로 이를 청구법인의 위탁연구개발비로 인정할 수는 없고, ○○○ 지급한 3,995천원도 당해 법인이 ○○○ 기업부설연구소로 인정받은 사실이 없으며, 연구개발비와 관련되었는지 여부도 불분명하므로 쟁점세액공제의 적용대상이 아니라는 의견을 제시하고 있다.

살피건대, 청구법인이 ○○○ 체결한 제품개발계약서를 보면, ① 청구법인이 의뢰하여 개발된 카드결제기에 대하여 ○○○ 개발과 관련된 지적재산권을 소유하나, 통신 전문 및 서비스 구현방식에 대한 권리는 청구법인이 소유하여 구분되는 점, ② 카드결제기는 주문에 의하여 개발ㆍ생산되는 것이므로 청구법인이 개발의뢰한 제품은 동 법인에게만 독점적으로 공급되는 사실 등으로 보아 청구법인이 ○○○에게 지급한 위탁연구개발비는 공동연구개발비의 성격을 갖고 있는 점, ③ 위탁연구개발비가 「조세특례제한법 시행령」〈별표6〉의 제1호 나목에 포함되는 경우에는 쟁점세액공제의 적용대상이 되는 것이므로 이를 법문 그대로 해석하는 것이 타당한 점 등을 고려하면, 청구법인이 ○○○에게 지급한 위탁연구개발비인 146,500천원은 쟁점세액공제의 적용대상에 해당하는 것임에도 이를 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

다만, ○○○에게 지급한 3,995천원은 당해 법인의 연구개발전담부서가 ○○○으로부터 기업부설연구소로 인정을 받지 아니하여 쟁점세액공제의 적용대상이 아니라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.